Эксперты Центра в своей работе объединяются в соответствии с тематикой исследований в рамках основных направлений (безопасности, политико-дипломатического, экономического и гуманитарного).
Работу на каждом из направлений организует Координатор.
Задачей Координатора является привлечение экспертов для реализации проектов по проблематике, отнесённой к его компетенции, организация их работы, а также обеспечение комплексности и системности осуществляемых исследований.
Общую координацию и организацию научно-исследовательской деятельности Центра осуществляет его Руководитель, который имеет одного заместителя.