Експерти Центру у своїй роботі об’єднуються за тематикою досліджень в рамках основних напрямків (безпекового, політико-дипломатичного, економічного та гуманітарного).
Роботу на кожному з напрямків організовує Координатор.
Завданням Координатора є залучення експертів для реалізації проектів з проблематики, віднесеної до його компетенції, організація їхньої роботи, а також забезпечення комплексності та системності здійснюваних досліджень.
Загальну координацію та організацію науково-дослідної діяльності Центру здійснює його Керівник, який має одного заступника.